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为了有效地管理国家，也为了替子孙万代奠定基业，秦始皇吸取了战国时期设置官职的具体经验，建立了一套相当完整的中央集权制度和政权机构。
中央机构
中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相有左右二员，掌政事。太尉掌军事，不常置。御史大夫是丞相的副2，掌图籍秘书，监察百官。
丞相、太尉、御史大夫以下，是分掌具体政务的诸卿，其中有掌宫殿掖门户的郎中令，掌宫门卫屯兵的卫尉，掌京畿警卫的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷货的治粟内史，掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的少府，掌治宫室的将作少府，掌国内民族事务和外事的典客，掌宗庙礼仪的奉常，掌皇室属籍的宗正，掌舆马的太仆等。丞相、太尉、御史大夫与诸卿议论政务，皇帝作裁决。
在此之外，秦代还有一些比较重要的官职，比如博士—“掌通古今”，即通晓古今史以备皇帝咨询，同时负责图书收藏；典属国—与典客一样主管少数民族事务，不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往，而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；詹事—管理皇后和太子的事务；将作少府—负责宫殿建造。
秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构，以后一直被历代王朝所仿效。其中汉代的“三公九卿”，基本上是照搬秦制。
地方机构
秦始皇统一六国后，采纳李斯的建议，废除分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。
郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监司监察。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又6续增设至四十一郡。
他们是：
秦地：巴郡，蜀郡，陇西郡，北地郡；
赵地：太原郡，云中郡，邯郸郡，巨鹿郡，雁门郡，代郡，常山郡；
魏地：上郡，河东郡，东郡，砀郡，河内郡；
韩地：三川郡，上党郡，颍川郡；
楚地：汉中郡，南郡，黔中郡，南阳郡，陈郡，薛郡，泗水郡，九江郡，会稽郡，长沙郡，衡山郡；
齐地：东海郡，齐郡，琅琊郡，胶东郡，济北郡；
燕地：广阳郡，上谷郡，渔县郡，右北平郡，辽西郡，辽东郡；
南越故地：闽中郡，南海郡，桂林郡，象郡；
匈奴故地：九原郡。
县，万户以上者设令，万户以下者设长。县令、长领有丞、尉及其他属员。县令、长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。
县以下有乡，其主要职能有四：1.摊派徭役；2.征收田赋；3.查证本乡被告案情；4.参与对国家仓库粮食的保管工作。乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。
乡下有里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以”豪帅”即强有力者为之。里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递（文书）等事。两亭之间，相距大约十里。