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肃顺接到穆荫自武昌发出的告急信的时候，九江围攻战正进入关键时刻。
1844年5月下旬，曾国藩，江忠源的湘军追击太平军突出湖北，沿长江进军江西。6月初，湘军突破西征军田家镇、半壁山防线后，湘军头目们志骄意盈，其势汹汹。曾国藩直接上表道光帝:“长江之险，我已扼其上游，广西贼巢所需米、石、油、煤等物，来路半已断绝，逆船有减无增，南方大局，似要转机，’，并声称要“肃清江面，直捣南昌”。他集中湘军水陆主力于九江、湖口，希望会同神机军再次发动决战，摧毁太平军的就将防线。
此时，传来了张国梁反水夺取郴州的消息。由于郴州最开始是由张国梁反正夺取，随后共和军进入封锁消息，所以肃顺和曾国藩一开始并不知道共和出兵北伐。
“我早就看出来，张国梁脑后有反骨，一直没有重用他，没让他带兵。可是向军门却看重此人，让他坐镇郴州要地。”曾国藩说道。
“曾观察，这话怎么说？我们哪还有兵力去防守南边的匪共。让张国梁去防守北边的会党，也是事急从权嘛。”向荣为自己辩解。
“好啦！”肃顺不耐烦的一拍桌子，“你们湖南人有什么恩怨我不管，现在该怎么办？向军门，你要回师平叛么？”
“万万不可，”曾国藩阻止说，“发匪覆灭，就在眼前，张国梁跳梁小丑尔。反掌可灭。我们当集结重兵，全力一击，灭杀洪杨之辈。”
“曾观察所言，正合我意。发匪之强，犹在水师。九江城在陆路，被我神机军重重包围。但只要发匪还能通过水路自由出入，这九江城可难打啊。”
向荣心说：“都是你不肯将神机军用来攻城巷战，九江之战，才拖延至今。”但嘴上却说：“是啊，是啊，水师，那还有劳曾道台。”
“曾某责无旁贷！”曾国藩自从将发匪逼出湖南后，意气风发，“九江水势，首在鄱阳湖口，只要卡住了湖口，发匪就被斩为两段。”
在太平军方面，林启容一直主持九江城防务，他在城外用糯米稀饭混沙土筑垒，设炮台3座，架设重炮，附城处停泊大战船6只，杂船1}余只。后又从湖口调来战船70余号，扼守江面，对江之小池口亦设3座炮台，立营3座。江心沙洲营盘一座，高建望楼，密排炮位。洲尾设巨排，横亘数十丈，拦截江面，上环木城，安炮两层，以大战船数只、杂船百余只护卫之。
从安庆方向撤回的林凤祥、李开芳的殿前部奉命收缩战线，集中兵力于宿松一带，修整补给，以牵制湖北清军东犯，构成九江会战的一支较大的机动兵力。
罗大纲亲自驻防湖口，在城外狮子山立营数座，韦志俊在对岸梅家洲上扎营2座，以木城炮台，紧相依护。在两岸还修筑地道可藏人放炮，轰击敌军。
1844年6月15日，湘军水陆会合，再次进犯九江。太平军军由西门出动数百人，袭击江中湘军水师。杨载福督勇200余人上岸，烧毁龙开河木城1座。彭玉麟率水师主力驶犯湖口，太平军水师仓碎应战，被湘军在扁担夹洲边烧毁大小船只40余号。湘军水师遂分泊鄱阳湖口内及口外之梅家洲、八里江等处，以图进犯湖口，策应陆师进攻九江。
6月26日，神机军军由上游瑟琶亭渡江，于次日驻扎九江城南门外。
但肃顺只命令湘军强攻，而让神机军本部在后督战。
同日，江忠源之弟江忠济带勇2000人抵九江，分扎要隘。28日，罗泽南军从下游水港渡江，以期与神机军军上下夹击。九江守军在林启容指挥下，乘敌半渡，突然冲出数千人分路玫击。罗泽南急督李续宾、李元度等抗拒，激战一时。
罗泽南率部暂避锋芒，被神机军督战队以为败逃，用排枪打死打伤近百人，罗泽南亦被击伤。曾国藩向肃顺申诉，肃顺不理。
林启荣部退回城里，湘军扎营白水港。由于林启容突袭，湘军“帐房均未渡毕，夜间风雨交加，多露立于风寒泥淖之中”。
7月2日开始，塔齐布与江忠济两军进攻九江西门，直逼太平军营垒，林启容督军放炮，湘军“伤亡甚多”，三次进攻皆被击退。
14日，林启容指挥守军四五千人，分股出城，攻击塔奇布军。敌军不支，神机军军来援。野战中大破点检黄善云。太平军城东北守军也出战不利，退回城里，城西守军猛攻向荣清军营盘，相持良久。此后数日，九江守军闭城坚拒，不复出城作战。
肃顺暂停攻势，在城外连营2O余座，坐困九江守军，等待湘军水师在湖口的战况。曾国藩前往湖口督战。这时，肃顺和得到了共和军进攻湖南的消息。肃顺刚毅果决，压下消息，希望毕其功于一役，解决发匪，再战匪共。
就在前一天，1844年7月13日，湘军水师进抵湖口之八里江一带，但太平军早已森严壁垒。14日，杨载福等焚烧西征军船只30余艘，派舶板船进攻内湖，被守军水陆配合击退。次日，双方再战，不分胜负。
夜，西征军在南岸添筑土城2座，洲尾添筑土城1座，又开挖地窖，用以藏人放炮，欲在两岸夹击湘军。
16日，杨载福率200人沿大江南岸摧毁守军3座新营。次日，罗大纲探知鄱阳湖口左右两营欲降清军，立即将其撤往城外防线后方，消饵了一次叛降活动。
7月19日，夜二更后，罗大纲从上游用小船百余号，“或二三只一联，或五只一联，堆积柴草，实以硝药，灌以膏油，分十余起，纵火下放，炮船随之，两岸出队千余人，呼声鼎沸，兼放火箭火球”，火攻湘军船只。“火光冲天，炮声雷动”，但敌军已有防备，杨载福等驾驶灿板迎击，秦国禄等将已燃之船用篙撑人中流，使其溜下，挫败了罗大纲的火攻计划。
7月24日，彭玉麟督率水师特务龙舟团攻击鄙阳湖口木牌，木牌守军与岸上守军协力防御，敌军不顾伤亡，疯狂进攻，木牌终被击中，药箱爆炸燃烧，“声若山颓”，但守军仍誓死抵抗，“开炮不绝”，“直待全牌火漫，望楼倾倒，始自投烈焰”，二百五六十名将士与木牌归于尽。是役湘军水师亦伤亡400余人之多。
同日，湘军分东、中、西三路进犯梅家洲。韦志俊令将士凭墙施放枪炮，封锁湘军进攻线。敌军以水泼地雷，然后，从竹签木桩中逾沟而入，守军誓死抵抗，斩杀敌军硝长叶楚南、杨玉芳、姜凌浩等，击退攻势。
湘军决意攻陷梅家洲，7月29日，江忠源督率兵勇再次进攻，“负布袋囊土人持炮”，直扑守军营垒，有数十亡命徒越墙而入，因“抛掷火包，误伤同人”，惊溃退出。当天夜里，罗大纲水师夜袭湘军。之后，不时乘夜袭扰、出击，敌军苦不堪言。
平等王杨秀清亲临湖口，太平军趁热打铁，连续进攻，痛击九江湘军水师。
8月2日深夜，杨秀清令九江与小池口守军各出动小划数十只，上载于柴、膏油、硝磺进人长江，乘月黑无光、天色迷漫之际，潜人敌船之间，以火弹喷筒袭击敌船。数十只小划围攻曾国藩座船，击毙管驾、监印官典史潘兆奎、文生葛荣册。混乱之中，曾国藩“急掉小舟驶人罗泽南营”，算是保住性命。但他的家书、奏章、地图，甚至接奏的上谕都被太平军缴获。湘军水师几乎解体，座船破失，“人人惶愕，各船纷纷上驶。自九江以上之隆坪、武穴、田家镇直至薪州，处处皆有(逃亡)战船，且有弃船而逃者。粮台各所之船水手尽行逃窜”，曾国藩对此“殊难为怀”，凶焰陡降，颜面丢尽。
肃顺倒是大方的邀请曾国藩到营中议事，让彭玉麟配合神机军进攻九江，正在这时，穆荫的告急文书送到，共和军已到武昌城下。